Слизистая оболочка содержит очень много нервных волокон и нервных окончаний. В основном они представлены афферентными чувствительными волокнами, передающими импульсы в центральные отделы нервной системы. Эти волокна идут в составе тройничного нерва, а также лицевого, языкоглоточного и блуждающего нервов. Нервные волокна большей частью повторяют ход сосудистых стволов.
В соединительнотканной пластинке слизистой оболочки нервные волокна образуют сплетение.
Отсюда часть волокон направляется в сосочковый слой, где они образуют еще одно подэпителиальное сплетение. Эти веточки принимают участие в образовании свободных или инкапсулированных нервных окончаний. Некоторые нервные веточки образуют контакты с клетками Меркеля в составе пласта эпителия, другие проникают между клетками эпителия, достигая поверхностных слоев.
Инкапсулированные нервные окончания располагаются в соединительнотканных сосочках и представлены окончаниями типа Мейсснера или Краузе.